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总务部，起初由中留中佐为部长，后由太田大佐兼任。该部是七三一部队本部的综合部门，权力很大，它不仅负责整个部队的财务管理、生产计划、人事分配，而且更重要的是直接与宪兵队联络和接收作细菌试验的人。
训练教育部，起初由园田大佐任部长，后来由西中佐接任部长。这个部专门负责培训从事细菌研究、生产和使用细菌武器的专业人才。据资料记载，仅少年队员的培训就进行了四期。
资料供应部，由大谷少将任部长。这个部负责各种器材、设备的供应。
诊疗部，由永山大佐任部长。这个部负责对细菌传染的预防和鸡脚盆人的疾病医疗事宜。
与各部平行的还有一个石井特别班，由石井四郎的家族人员亲自把持。石井四郎的二哥次男刚男负责"特别秘密监狱"的管理，石井四郎的三哥三男负责试验动物饲养的领导工作。
731部队是述鸡脚盆细菌部队的代称。鸡脚盆有七大细菌战部队，分别是:
在东京的陆军军医学校细菌武器研究室。
在哈尔滨的关东军659部队，其设于哈尔滨平房区的本部称731部队
在长春的关东军100部队
在北京的北支甲1855部队
设于南京的荣字1644部队
在广州的波字8604部队
在新加坡的冈字9420部队
陆军军医学校细菌武器研究室
设立于东京陆军军医学校，位于东京新宿，对外称防疫研究室。
关东军659部队
本部设于哈尔滨平房区，对外称关东军队防疫给水部，其本部称为731部队。
关东军100部队
本部设于长春的,对外称关东军兽疫预防部,下设2630部队等。负责人高桥隆犊兽医中将和松有次郎兽医少将。
北支甲1855部队
本部设在北京的天坛公园西门南侧的神乐署，原国民党中央防疫处，对外称华北派遣军防疫给水部，后称第151兵站医院。
1855部队部长初为黑江，后为菊池齐。1939年，西村英二继任。下设三个课:
第1课设于协和医学院，从事细菌(生物)战剂的研究
第2课设于天坛公园西门南侧,从事细菌生产。
第3课设于北海旁北京
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